A szabadságharc bukása után (1711) törökországi száműzetésében írta meg emlékiratait latinul, "Egy bűnös vallomásai" címmel. A lélekelemzés, a jellemábrázolás és a fordulatos, színes elbeszélések igazi nagymester volt. Emlékiratán kívűl még számos könyvet írt, főleg janzenista szellemű (a kálvinizmushoz közel álló mozgalom), vallásos elmélkedéseket.
Neve szorosan összefügg az általa 1703-ban indított Rákóczi-szabadságharccal, mely révén Magyarország teljes függetlenségét kívánta visszaszerezni, hogy a Habsburg Birodalomtól független állammá váljék. E célnak megfelelően választották Erdély és Magyarország fejedelmévé, amelyhez tökéletesen megfelelt, mivel Rákóczi Zsigmond erdélyi fejedelem leszármazottja volt, azonkívül dédapja és nagyapja I. Rákóczi György és II. Rákóczi György, továbbá apja I. Rákóczi Ferenc is voltak erdélyi fejedelmek.
Harca jóllehet nem járt sikerrel, de volt benne siker is mert így elismerték a Habsburgok Erdélyt önálló fejedelemként és nem gyarmatosították. A magyarság körében ma is tisztalelkű és becsületes vezetőként él tovább emléke, mivel a felkínált közkegyelmet nem volt hajlandó elfogadni, s végig kitartott a magyar függetlenség ügye mellett.Apja I. Rákóczi Ferenc, aki még fia csecsemőkorában meghalt. Nagyapja, déd- és ükapja, I. és II. Rákóczi György, valamint Rákóczi Zsigmond egyaránt erdélyi fejedelmek voltak. Anyja, Zrínyi Ilona, Zrínyi Péter horvát bán és Frangepán Katalin leánya, a költő Zrínyi Miklós unokahúga volt. Nővére Rákóczi Julianna.
Egyetemi tanulmányait követően az ifjú Rákóczi (sógora, Aspremont Ferdinánd gróf tanácsára) önállóan döntött házasságáról, s az udvar engedélye nélkül vette feleségül Sarolta Amália hessen-wanfriedi hercegnőt, Károly hessen-wanfriedi őrgróf (1649-1711) és Alexandra Julianna leiningen-dagsburgi grófnő (1651-1703) leányát. Az esküvőt 1694. szeptember 26-án tartották a kölni dómban, s a párt maga a választófejedelem, József Kelemen bajor hercegérsek adta össze a főoltár előtt. (Rákóczi felesége nagynénje, az orléans-i hercegné révén rokonságba került XIV. Lajos francia királlyal is.)
A házasságból három gyermek született:
Lipót (1696. május 28. - 1699. szeptember)
József (1700. augusztus 17. - 1738. november 10.)
György (1701. augusztus 8. - 1756. június 22.)
(Sarolta Amália 1706. november 16-án még egy kislánynak adott életet, aki azonban csak néhány hetet élt, s akinek bizonyosan nem Rákóczi volt az édesapja.)